在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。
　　数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……

　　在新宿,有一位赌技高超的赌博高手,大家都称呼他为「小兄弟阿哲」！
　　在无敌的哲也面前,出现了一个新的敌人……
　　即使背负着 「不死身的力量」,哲也依然丢了九筒……
　　反失势人之道而行……这就是胜负的铁则！
　　且看哲也如何运用出神入化的麻将技术,战无不胜!
　　
　　

　　在网路上，突然出现了一只数码蛋，这只蛋破壳后，出生了一只数码宝贝，它疯狂地吞噬着整个电力网络系统，给电力网络运行造成了重大影响，而且它不断地进化，食量也越来越大。太一在开始的时候和素娜吵架了，阿和和阿武外出了，美美去玩了，阿助……只有光子郎和太一在，阿武和阿和找到了电脑来支援太一，后来那个数码宝贝又一次进化了！这时候，发生了一件意想不到的事情……

　　有一位少年，他本来和普通人一样，过着平凡的生活，但自从收到爸爸的礼物"支天轮"之后，就变得不可思议了…由"支天轮"出来的守护女神，渐渐将这位少年--太助的一生改变了。而从"支天轮"出来的女神"小璘"本来为了保护主人而经常碰钉，所以太助一开始时十分不喜欢小璘的保护，在不久之后，太助又一次收到爸爸送来的礼物，在收礼物时又突然走出了一个女神"庆幸日天汝昂"所以太助得到两位女神的保护，但汝昂经常因为要得到太助的宠爱而一直想打倒小璘(她们常常打学校弄得破烂不堪^^)太助常然十分不满，但他渐渐开始对小璘有好感，经过好几次的事情，太助和小璘渐渐相爱，同时!南极寿星知道两人相爱后，加以阻止两人，并命令小璘要回到支天轮......究竟之后他们两人会发生什么事?